Pomimo, że najważniejsze założenia działania wyszukiwarek internetowych są prawie identyczne, główna różnica polega na innych rezultatach wyszukiwania danej frazy.

Jak już wcześniej wspomnieliśmy, każda wyszukiwarka inaczej oblicza wartość poszczególnych czynników wpływających na wyniki wyszukiwania. Jeśli zależy Ci na wypozycjonowaniu strony w kilku wyszukiwarkach, należy zwrócić jeszcze większę uwagę podczas ich optymalizacji, aby były zgodne z wytycznymi każdej z nich.

Jest wiele różnic pomiędzy algorytmami ustalania pozycji, na przykład MSN i Yahoo przywiązują największą wagę do słów kluczowych znajdujących się na stronie, podczas gdy dla Google zdecydowanie najważniejsze są linki prowadzące do pozycjonowanej strony. Ponadto Google zwraca uwagę na długość istnienia strony w sieci (od czasu zaindeksowania), natomiast Yahoo nie ma szczególnych preferencji co do stażu domeny. Dlatego też w Google pozycjonowanie na oblegane frazy może trwać bardzo długo.

W Polsce najpopularniejsze wyszukiwarki to Google.pl, Onet.pl, Wp.pl, przy czym ponad 90% internautów korzysta właśnie z Google.pl, którego algorytmy uważane są za najlepsze i najbardziej miarodajne. Dlatego też duża większość firm pozycjonerskich kierując swą ofertę do klienta, opiera się właśnie na jej rezultatach wyszukiwania.